“清真”二字，最早出现于南宋，南宋临川王刘义庆《世说新语;赏誉》中有“清真寡欲，万物不能移也”之句。《宋书;周续之传》刘柳荐表：“窃见……周续之清真贞素，思学钩深。”可见，“清真”乃“纯净洁朴，无尘无染”之意。著名诗人李白诗曰：“韩生信英彦，裴子含清真。”唐代诗人姚合《寄石书院僧》中有：“不行门外地，斋戒得清真”之句。宋代陆游《园中赏梅》诗又有“阅尽千葩百卉春，此花风味独清真。”宋代诗人周邦彦著有《清真词》一书，本人自号“清真”。后多用于形容寺院、文集及各种幽静之地。尤其对伊斯主教的寺院，由于《古兰经》中用清洁、清净、清纯和真正、真实、真诚等词赞颂安拉的地方很多，所以宋元以来多以“清”、“真”、“净”、“觉”等词概括其内涵和特点，以表教门纯正，据传，元延祜二年(1315)，咸阳王赛典赤·瞻思丁·乌马儿奉敕重修陕西长安寺，奏请赐名“清真”，以称颂清净无染的真主。至此，中国始有“清真寺”之名。明末清初，中国著名伊斯兰教学者王岱舆等，在其著作中介绍伊斯兰教义时，多用“清净无染”、“真乃独一”、“至清至真”、“真主原有独尊，谓之清真”等语。随之“清真”二字作为专用词用于伊斯兰教，逐步成为社会共识。